有關最近房屋稅之主要爭議焦點，歸納彙整如下，以供政策修訂參考：
一、一刀切引發公平性爭議
台北市政府從二○一四年七月一日起以「一刀切」方式大幅調高房屋稅，導致僅一天之隔新舊制稅負差距就以倍數計，殊欠公允；最近北市府擬大幅提高適用舊制之房屋稅，可行性如何，頗值得深入探討。
二、回溯機制備受質疑
當前最值得爭議的是，主管機關高舉居住正義大旗，卻又擬訂回溯機制，掩飾不了加稅意圖，此可由台南市預計可以增加稅收十～十二億元，台北市可以增加稅收五十～六十億元，見其潛藏動機！
三、房屋稅與契稅同一稅基議題
六％的契稅稅率與一．二％至三．六％的房屋稅稅率適用同一稅基，導致購屋者與都更戶沉重的契稅負擔。
四、重複課稅爭議
除房屋稅與地價稅皆已計入「路段率」之外，依一○三年七月一日台北市稅基調整後的房屋稅計算公式為【標準單價×(1+路段率±其他各項加減率)×面積×(1-折舊年數×折舊率)×路段率】，很明顯的「路段率」重複出現兩次，導致各界抗議聲不斷。
最近北市府擬將「１＋路段率」改為「１＋固定比率」，惟固定比率多少，亦是重要議題。
五、計算公式不透明
就豪宅部分，由於路段率加成兩次遭質疑不合理，北市府擬將「１＋路段率」改為「１＋固定比率」，屆時新豪宅稅將降低，舊豪宅則會提高，至於「固定比率」約為一三○％，因此，制訂過程應公開討論為宜。
最近財政部擬修正讓房屋稅單更透明，並與內政部推動房地稅基查核制度，其對整體稅制之影響，頗值得關注。
六、標準單價潛藏不確定性
台北市政府無預警的將房屋稅大幅調漲二．六倍，惟稅基中的「標準單價」仍僅為實際造價之一半；此外，又宣稱擬將公告地價逐年調整至接近市價，導致一般民眾對於政策之不可預測性充滿疑慮。
最近財政部研議調整房屋標準單價從三年評定一次改為兩年一次，後續效應頗值得追蹤觀察。
七、折舊率太低議題
由於「耐用年數」及「殘值」的設定不盡合理，就ＲＣ構造而言，最後殘值依舊高達四○％，因此，應重新檢討耐用年數與殘值。另外，現行二十年未調整的房屋免稅額現值十萬元，亦應同步檢討。
八、策略性產業優惠議題
對於觀光飯店等策略性產業房屋稅與地價稅之優惠議題，目前主管機關已達成應予適度優惠之共識，結果如何，仍有待觀察。
九、自用住宅低稅或免稅議題
當前有部分國際都市沒課徵房屋稅，亦有針對自住房屋全部或定額免稅規定，可以預期的是，未來將會朝這一方向擬定優惠稅率。
十、都市更新適用新稅制爭議
由於都市更新後的新屋係由舊屋舊制過渡至新屋新制，倘若政策與稅制無法彈性調整，未來都市更新之路勢必難上加難。
十一、加價項目合理性爭議
對於已適用新制房屋稅，為避免重複課稅，北市府擬取消中央空調增加五％、電扶梯每部增加二％、金屬或玻璃或帷幕一○％、室內或屋頂游泳池五％等「不合理」項目。
十二、後遺症太大之爭議
房產重稅之稅制結構改變，長期而言，轉嫁之後遺症，例如房價下跌不易等問題，不僅「下濾作用」受阻，年輕人首購之後也可能面臨換屋而淪為二次屋奴之困窘。
此外，對於ＢＯＴ、地上權與聯合開發等投資開發案之影響，更應列為優先檢討，至於今年交易量可能驟降至二十二～二十三萬戶之二十五年新低，對整體經濟與稅收影響亦不容小覷。